2015年10月1日至2016年12月31日為過渡期，原營業執照、組織機構代碼證、稅務登記證仍可繼續使用。在辦理企業類市場主體變更登記時，換發“一照一碼”執照，原營業執照、組織機構代碼證、稅務登記證由企業登記機關收繳、存檔。
生產經營地、財務負責人、核算方式由企業登記機關在新設時采集，在稅務管理過程中，上述信息發生變化的，由企業向主管稅務機關，即各區國、地稅局申請變更。
企業換發“一照一碼”營業執照后，原發營業執照、組織機構代碼證和稅務登記證自然失效，企業原來使用的納稅人識別號，也換成18位的統一社會信用代碼，因納稅人識別號的變更，納稅人需到稅務局辦理相關的后續事宜，如重新簽訂“稅庫銀三方協議”、防偽稅控系統報稅、清卡、退票及重新發行等。
對于改革前已經領取稅務登記證的存量企業，發生變更，取得18位統一社會信用代碼后，原發票專用章繼續使用，保留原法律效力。即納稅人通過工商變更或換證領取“一照一碼”營業執照的，發票專用章不需要重新刻制，原15位納稅人代碼的發票專用章可以繼續使用。
1、普通發票：直接在稅控系統中紅沖，系統會提示無法找到相應藍字發票，可以選擇手工錄入填寫；2、專用發票：在稅控系統中填寫信息表，打印出來后提交到主管稅務機關柜臺審核，通過后開紅字。
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